В 1703 году Иван Мазепа начал строительство Корпуса для Академии. Сначала корпус был одноэтажным. Во времена Рафаила Заборовского был достроен второй этаж, на котором находились классы философии и богословия. А так же Конгреационный зал, где проходили диспуты. После пожара реконструирован храм под руководством Андрея Меленского.